Η ποιότητα του κόκκου ενός καλού καφέ έγκειται και στον τρόπο συλλογής του. Οι βασικές μέθοδοι συγκομιδής που χρησιμοποιούνται είναι οι εξής :
-Χειροδιαλογή (hand picking)
Ο ιδανικότερος τρόπος συλλογής είναι με το χέρι επιλέγοντας μόνο τους ώριμους καρπούς, περνώντας συχνά δύο φορές από το ίδιο δέντρο προκειμένου να γίνει η συγκομιδή. Συλλέγονται μόνο οι ώριμοι καρποί, τα λεγόμενα cherries (κεράσια) που έχουν βαθύ κόκκινο χρώμα ή έντονο κίτρινο (ανάλογα την ποικιλία του καφέ) .Οι καρποί αυτοί δεν έχουν ασθένειες και δεν έχει επηρεαστεί η ποιότητα τους από επιβλαβείς οργανισμούς. Τα πλεονεκτήματα αυτής της μεθόδου είναι η συλλογή μόνο ώριμων καρπών (ομοιογενής συλλογή) χωρίς να τραυματίζονται από μηχανήματα, και η δυνατότητα συλλογής από τα πιο δύσβατα δέντρα. Το μειονέκτημα αυτής της μεθόδου είναι ότι χρειάζεται πάρα πολύ χρόνο για να ολοκληρωθεί η συλλογή. Παρότι αποτελεί την ακριβότερη μέθοδο για μια επιχείρηση, αυξάνει την ποιότητα αλλά και την τιμή του καφέ. Χρησιμοποιείται μόνο για εξαιρετικές ποικιλίες.
-Stripping
Είναι παρόμοια μέθοδος με τη χειροδιαλογή με τη διαφορά ότι οι καρποί δεν επιλέγονται. Οι εργάτες μαζεύουν ότι υπάρχει πάνω στα κλαδιά των δέντρων, από τους άγουρους καρπούς μέχρι και τους αποξηραμένους. Πρόκειται για μια πιο γρήγορη μέθοδο σε σχέση με την επιλεκτική χειρονακτική συγκομιδή, οι καρποί μπορούν να συλλέγονται και με αυτήν τη μέθοδο από δύσβατα σημεία, ωστόσο υπάρχει μεγάλη ανομοιογένεια στην συλλογή και το χειρότερο είναι ότι προκαλείται μερική ή ολοκληρωτική καταστροφή του φυτού. Πολλές φορές μετά τη συγκομιδή οι καρποί διαχωρίζονται και ταξινομούνται με βάση διάφορα κριτήρια.
-Μηχανική διαλογή
Πρόκειται για ταχύτατη αυτοματοποιημένη μέθοδο με ανομοιογενή συλλογή και δίχως πρόσβαση σε δύσβατα σημεία. Τρακτέρ περνούν από τις σειρές εξοπλισμένα με δονούμενους πόλους ή βούρτσες που περνούν μέσα από τα κλαδιά και κόβουν τους καρπούς. Οι καρποί πρέπει να διαχωρίζονται και να ταξινομούνται μετά τη συγκομιδή τους. Η μέθοδος αυτή είναι σαφώς οικονομικότερη για μια επιχείρηση με μεγάλες εκτάσεις καλλιεργειών όμως πολλές φορές “τραυματίζει” το δέντρο και τους καρπούς επιδρώντας αρνητικά στην ποιότητά τους. Εφαρμόζεται κυρίως σε επίπεδες φυτείες.
Προκειμένου να ξεκινήσει η επεξεργασία του καφέ, οι καρποί μεταφέρονται στον σταθμό επεξεργασίας την ίδια ημέρα που συλλέγονται. Κατά τη διάρκεια της επεξεργασίας των κόκκων, τα κρίσιμα βήματα που επηρεάζουν την ποιότητα του καφέ είναι τα εξής:
-Η επιλογή των κόκκων (διαχωρισμός ώριμων καρπών από τους ανώριμους)
-Η ζύμωση (εφόσον ακολουθείται αυτή η διαδικασία) και ο χρόνος ζύμωσης
-Η διαδικασία του drying όπου ο καφές «στεγνώνει» για να φτάσει στα επιθυμητά επίπεδα υγρασίας.
